Dopo l’arrivo nel 1498 di Vasco de Gama nella regione,  l'arrivo dei Portoghesi provoca una rapida e spontanea  unione con Roma dei Cristiani di S.Tommaso. Il clero di Goa e i Gesuiti però ben presto diedero luogo a  un processo di latinizzazione che culmina quando nel 1599 Alexis Menezes, Arcivescovo di Goa, convoca a Diamper un sinodo  nel quale viene deciso di unificare la gerarchia . Molti cattolici lasciano allora la Chiesa Cattolica  per congiungersi ai  Nestoriani . Nel  1603 Il Patriarca Giacobita di Antiochia invia   un Vescovo in India ed a questi si aggregano più di centomila Cristiani.  Nel 1653 infine molte  comunità si riuniscono a Mattancherry   e troncano la loro relazione con Roma (Giuramento della Croce di  Coonan) unendosi ai Giacobiti. L'Arcidiacono Tommaso viene eletto vescovo (Metropolita Malankarese) e consacrato tale da 12 preti. I suoi successori prenderanno perciò il nome (praticamente titolo) di Tommaso (Mar Thoma) così come gli Arcidiaconi che più anteriormente avevano di fatto governato la Chiesa avevano preso il nome-titolo di Giorgio (Geevarghese).

1662 Il Catholicos d’Oriente (antico titolo con cui la Chiesa Giacobita  indicava il Capo della Chiesa Giacobita nell'attuale Iraq) diventa Patriarca di Antiochia (Ignazio Abdul Masih I).

1665 Tommaso I che era stato consacrato da 12 preti nel 1653 viene ora consacrato Vescovo dal delegato Patriarcale Gregorio Abdul'Jaleel (anche i suoi successori generalmente saranno consacrati da un delegato patriarcale).

1670 Anche Tommaso II viene consacrato da Gregorio Abdul'Jaleel

1685 Il Catholicos d’Oriente , da cui in teoria dipende anche l'India, si porta in Kerala,   a Kothamangalam, dove muore e viene sepolto. La Chiesa giacobita lo canonizzerà nel 1987.

1687 Il Catholicos d’Oriente diventa Patriarca di Antiochia (Ignazio Geevarghese II).

1688 Anche Tommaso II viene consacrato dal Delegato Patriarcale Ivanio.

1709 Il Catholicos d’Oriente Basilio Isacco II diventa Patriarca di Antiochia (Ignazio Isacco Azar).

1722 Il Catholicos d’Oriente Basilio Sakralla II diventa Patriarca di Antiochia (Ignazio Shukr Allah II).

Non è ben chiara la validità della sua consacrazione (sarebbe stato consacrato dal suo predecessore in punto di morte e in uno stato di coscienza non del tutto vigile) .

1748 Per la prima volta un Catholicos (Basilio Sakralla III) viene consacrato appositamente per la Chiesa in Malabar.

1751 Il Catholicos d'Oriente sposta definitivamente la sua sede  in Malabar.

1761 Tommaso V consacra Vescovo, al fine di essere suo successore, Tommaso VI. La validità di tale consacrazione è perciò dubbia.

1768 il Mafriano Basilio diventa Patriarca (Ignazio Geevarghese IV).

1770 Visti i dubbi sulla sua consacrazione  Tommaso VI viene riconsacrato Vescovo (da tale riconsacrazione deriva il nuovo nome Dionisio), dai delegati patriarcali Gregorio (vescovo di Gerusalemme) e Ivanio (non i precedenti naturalmente,che altrimenti sarebbero ultracentenari).

1772 Il Vescovo di Gerusalemme Mar Gregorios consacra vescovo (senza l'approvazione del Metropolita Malankarese e del Catholicos d'Oriente)   Abraham Mar Koorilose (Kattumangattu).

1774 Scisma di Mor Kurilose (Kattumangattu) che crea la  Chiesa Sira Indipendente del Malabar (o di Thozhiyoor  o di Anjoor).

1786 Fallisce il tentativo di una parziale riunificazione a Roma in seguito alla morte di Tommaso Paremmakal ,un sacerdote malankarese passato al Cattolicesimo e creato Arcivescovo per i cristiani di S.Tommaso dal Papa.

1794 Dionisio I consacra Tommaso VII. Pare che ciò sia avvenuto in un condizione di non perfetto stato di coscienza da parte di Dionisio I per cui  sulla validità della consacrazione sono sorti dubbi .

1803 Non mi è chiaro il motivo per cui Basilio Yavanan viene consacrato Mafriano essendocene già un altro.

Sulla validità della consacrazione si nutrono dubbi in quanto consacrato da Tommaso VII in uno stato di non perfetta coscienza.

1815 Tommaso VIII consacra per succedergli Tommaso IX il quale però abdica subito.

1815 La Chiesa non ha un chiaro Primate : tanto Tommaso VIII (la cui consacrazione viene peraltro ritenuta dubbia) che il Catholicos Basilio Cirillo sono in cattive condizioni di salute e difatti non esercitano il proprio ufficio;Tommaso IX sarebbe stato consacrato in quest'anno da Tommaso VIII ma sulla validità di tale consacrazione la Chiesa Malankarese nutriva dubbi e comunque nel 1817 si dimette. In tale situazione confusa, a causa di difficoltà nei collegamenti,imposti dagli Inglesi, con il Patriarca di Antiochia la Chiesa Malankarese chiede ( nonostante nutra dubbi sulla validità delle consacrazioni provenienti da Thoziyoor -il primo Metropolita di  Thoziyoor , Cirillo, era stato consacrato dal delegato patriarcale Gregorio che però potrebbe aver subito pressioni-) a Filosseno ,4° Metropolita della Chiesa di Thoziyoor,(che in qualche modo per qualche tempo funge egli stesso da Metropolita Malankarese)  di consacrare un Metropolita Malankarese. Filosseno consacrerà Metropolita  Dionisio II che viene meno nel 1816, Dionisio III e Dionisio IV. 

Il titolo Tommaso -mi pare-  viene riconosciuto dalla Chiesa Sira di San Tommaso mentre la Chiesa  Malankarese abbandonerà tale titolo.

1827 Il Catholicos Basilio Elia II viene scomunicato a causa delle sue simpatie per la Chiesa Cattolica.

1829 Dioniso IV consacra Metropolita della Chiesa di Thoziyur (rimasta priva di vescovo) Geevarghese Koorilose III

1838 Il Catholicos Basilio Elia III diventa Patriarca di Antiochia (Ignazio Elia II).

1845 Muore (scomunicato da Dionisio IV) Abraham Malpan ,il fondatore di fatto della Chiesa Sira di San Tommaso. Formalmente lo scisma non è ancora consumato ma  in realtà la Chiesa è lacerata tra i tradizionalisti e gli innovatori che seguono Malpan.

1842 Nipote di Abraham Malpan e da questi inviato dal Patriarca di Antiochia Ignazio Elia IV che lo consacra vescovo con il nome di Matteo Atanasio, si oppone nella funzione di Metropolita Malankarese a Dionisio IV. Verrà in seguito  scomunicato per la sua adesione alle influenze protestanti.

1852 Un tribunale civile riconosce Matteo Atanasio come Metropolita Malankarese. Egli dichiara l'autonomia della Chiesa da Antiochia. Dionisio si oppone ed inizia una lunga lite per la proprietà delle Chiese. La Chiesa di Tiruvalla, sede da sempre , del Metropolita Malankarese, resta a Matteo Atanasio e quindi alla Chiesa Sira di San Tommaso.

1856 Matteo Atanasio consacra per la Chiesa di Thoziyur , rimasta senza vescovo, Giuseppe Koorilose IV

1860 Poco dopo la morte di Basilio Behanam IV l’ufficio di Mafriano viene abolito.

1868 Atanasio consacra vescovo Tommaso Mar Atanasio  ,parente di  Abraham Malpan e suo successore nella guida del movimento riformista.

1875 Il Patriarca di Antiochia scomunica Matteo Mor Atanasio (che morirà 2 anni dopo).Lo scisma è ormai consumato

1876  Sinodo di  Mulanthuruthy :il Patriarca Pietro III organizza la chiesa Malankarese in  7 Diocesi (Ankamaly, Cochin, Kandanad, Kottayam, Niranam, Thumpamon ,Quilon) e ne consacra i rispettivi vescovi tra cui il Metropolita Malankarese Dionisio V

1910 Il Metropolita Malankarese viene scomunicato.

Atanasio Paolo (Painadath) (1918-53)

1938 Viene creata una missione fuori del Kerala ( diocesi dell'India fuori del Kerala).

1953 Alle 7 tradizionali diocesi del Kerala si aggiunge quella del Malabar.

Abramo Clemis (Vayala, Ranni) (1957-58)

1958 Abramo ,vescovo dal 1951 e Metropolita Malankarese in comunione con Antiochia, lascia la sua funzione in seguito alla riunificazione delle due branche (quella autocefalica e quella patriarcale) della Chiesa. Basilio Geevarghese viene accettato come Catholicos e Metropolita Malankarese.

Basilio Augen I (1964-75)

1964 Il Patriarca di Antiochia reinstaura formalmente, in ideale continuità con il Mafrianato d’Oriente, il Catholicosato d’Oriente come funzione primaziale per i Giacobiti Malankaresi.

1975 Lo scisma si ripete. Basilio Augen resta Catholicos della fazione autocefalica e viene scomunicato