Paolo (539 – 541)

Zoilo (541 – 551)

541 Paolo viene deposto e sostituito da Zoilo.

Apollinare (551 – 568)

553 V Concilio Ecumenico , a Costantinopoli. Va a vuoto il tentativo di riconciliazione con i "monofisiti".

Giovanni IV (569 – 579)

Evloghio (579 – 607)

Teodoro (607 – 609)

Giovanni V (609 – 620)

620 In seguito all'occupazione della città da parte dei Sassanidi S.Giovanni V il misericordioso è costretto a fuggire e muore in esilio.

Giorgio (621 – 630)

Ciro (630 – 643)

630 Con una delle prime formulazioni monotelite Ciro cerca l'accordo , non riuscito, tra Ortodossi e Monofisiti. Ciro verrà perciò condannato nel 680 al concilio Ecumenico di Costantinopoli.

634 Il califfo Omar I conquista Siria,Persia,Egitto.Percepiti come alleati del nemico Bizantino,gli Ortodossi vengono perseguitati ma i copti non soffrono meno.

Pietro IV (643 – 654)

649 Il convento di S. Caterina nel Sinai rivendica e dichiara la propria autonomia da Gerusalemme.Verrà a dipendere spesso dai Patriarchi di Alessandria ma Gerusalemme continuerà a rivendicarlo a sè.

Sede vacante (654-690) , Giovanni VI (?) , Eutiche(?)

654 Interruzione della successione calcedonese che durerà per altri settanta anni. Vescovi Ortodossi tuttavia continueranno a sussistere e per brevi periodi qualcuno di essi assumerà anche il titolo patriarcale (Giovanni VI ,Eutiche, Pietro V, Pietro VI)

661 Inizia l'era degli Ommaiadi. 

681 VI Concilio Ecumenico, III a Costantinopoli .Condanna del monotelitismo.

Pietro V (690 – 712)

704 La persecuzione nei confronti dei Cristiani raggiunge uno dei momenti più acuti. La Chiesa si trova ad essere allo sbando.

Pietro VI ( ?)

Cosma (727 – 787)

727 Viene ripristinato il Patriarcato Ortodosso grazie anche ai ricchi doni che i Cristiani offrono al Califfo Hisham. Cosma tenta di riorganizzare la Chiesa che era prossima all'annichilimento (restava una sola chiesa calcedonese ad Alessandria).La lingua araba gradualmente sostituisce quella greca.

750 Inizia l'era Abbasside.

754-75 Al-Mansur raddoppia il tributo dovuto dai Cristiani. Persecuzioni anticristiane.

Poliziano (787 – 801)

Eustazio (801 – 805)

Cristoforo (805 – 836)

828 Marinai italiani trafugano i resti mortali di S.Marco e li portano a Venezia ove verrà costruita la famosa Basilica omonima.

Sofronio (836 – 859)

Michele I (859 – 871)

868 I Tulunidi diventano padroni dell'Egitto.

905 Gli Abbassidi riconquistano l'Egitto.

Cristodulo (906 – 933)

Eutiche II (933 – 940)

935 Gli Ikhshiditi diventano padroni dell'Egitto.

Sofronio II (940 – 968)

Elia (968)

969 I Fatimidi diventano padroni dell'Egitto.Il trono Patriarcale per circa due secoli resta spesso vacante.

Arsenio (980 – 1010)

Giorgio III (1010 – 15)

Filiteo (1015 – 45)

Sede vacante (1045-1200)

Interruzione della successione patriarcale (salvo brevi periodi )

1054 Lo scisma tra Est e Ovest diviene definitivo durante tale vacanza. Non è facile dire da quale momenti il Patriarcato di Alessandria non sia più in comunione con Roma. Gradualmente il Patriarcato di Alessandria si allineerà a Costantinopoli ma ancora il Patriarca Nicola II ha ancora rapporti con Roma.

1171 Gli Ayyubidi diventano padroni dell'Egitto.

Leonzio (1059 )

Giovanni VIII (1062)

Sava (?)

Teodosio II (?)

Cirillo I (in realtà II) (1103 – 18)

Evloghio II (?)

Sofronio III (1166 )

Eleuterio (?)

Marco III (1174)

Nicola I (1200 – 30)

1215  Il Patriarca Nicola I scrive a Papa Innocenzo III  e a Onorio III in ordine alle difficoltà della Chiesa nelle lotte con i non calcedonesi.

1235 I Mamelucchi diventano padroni dell'Egitto.

Nicola II (1243 – 70)

Atanasio III (1270 – 1308)

Gregorio II (1308 – 32)

Gregorio III (1332 – 50)

Nifon (1367 – 71)

Marco IV (1371 – 85)

Nicola III (1385 – 97)

Gregorio IV (1397 – 1412)

Nicola IV (1412 – 17)

Atanasio IV (1417 – 29)

Marco V (1428 – 37)

1431-45: Concilio  di Firenze (anche detto Basilea-Ferrara-Firenze). Affermò il primato del papa contro le richieste dei conciliaristi . Unione con le Chiese Orientali ,voluta dall'imperatore bizantino Giovanni VIII che cerca aiuti occidentali contro i Turchi,che presto andrà però a vuoto.

Filoteo (1437 – 59)

Gregorio V (1459 – 86)

Ioakim I (1486 – 1567)

1517 Conquista Turca .Totale ellenizzazione dei Patriarcati di Alessandria,Antiochia e Gerusalemme. Il Patriarca (sempre greco) da allora quasi sempre risiedette a Costantinopoli (ma spesso ciò era già avvenuto nel secolo precedente) difatti con funzione solo titolare. Per far fronte alle difficoltà finanziarie i Patriarchi si rivolgono agli Zar della Russia.

1529 La Chiesa del Sinai ,che era stata governata dai Patriarchi di Alessandria, viene riconosciuta dipendente da Gerusalemme.

1555 Contatti dei Protestanti con la Chiesa di Alessandria.

Silvestro (1569 – 90)

Melezio I (1590 – 1601)

1594 Melezio riesce ad evitare che abbiano buon fine  i tentativi gesuiti di persuadere i Patriarchi copti circa il Primato di Roma ma  vanno pure  a vuoto i suoi tentativi di riunificazione tra Copti e Ortodossi.

1612 Cirillo dal 1601 Patriarca di Alessandria (Cirillo III) diventa per un breve periodo "locum tenens" del Patriarca di Costantinopoli.

1616 Rapporti tra Alessandria e la Chiesa Anglicana.

1620 Cirillo ,eletto Patriarca di Costantinopoli,  lascia il Patriarcato di Alessandria.

Gerasimo I (1620 – 36)

Mitrofane (1636 – 39)

Niceforo (1639 – 45)

Ioanniccio (1645 – 57)

Paisios (1657 – 78)

Partenio I  (1678 – 88)

Gerasimo II (1688 – 1710)

Samuele (1710 –12 e 1714 – 23)

1715 Rapporti con i vescovi scozzesi "Non -Juring".

Cosma II (1712 –14 e 1723 – 36)

Cosma III (1737 – 46)

Matteo (1746 – 65)

Matteo invia una missione in Etiopia.

Cipriano 1766 - 1783

Gerasimo III 1783 - 1788

Partenio II 1788 - 1805

Teofilo II 1805 – 1825

1805 L'Egitto diventa semiindipendente con suoi khedivè.

Ieroteo I 1825 -1845

Artemio 1845 – 1847

Ieroteo II 1847 - 1858

1847 Dopo secoli di titolarità di fatto dei Patriarchi di solito residenti a Costantinopoli si ha il ritorno dei Patriarchi ad Alessandria.

Callinico 1858 – 1861 

1861 Si dimette il Patriarca Callinico . Fallisce momentaneamente il tentativo delle comunità greche locali di riprendere il diritto ad eleggere il Patriarca (da secoli ormai nominato dal Patriarca Ecumenico): la Chiesa si spacca infatti tra due Patriarchi contemporaneamente eletti da due diverse fazioni. Lo stesso anno interviene il Patriarca Ecumenico che  pone termine alla divisione esautorando ambedue e installando il Patriarca Giacomo. In seguito la comunità greca troverà però la necessaria coesione per eleggere il proprio Patriarca.

Giacomo II 1861 - 1865

Nicanore 1866 - 1869

Sofronio IV 1870 - 1899

Fozio 1900 - 1925

1908 Un sacerdote del Patriarcato svolge la sua missione tra i greci del Sudafrica e inizia l'opera evangelizzatrice locale.

1926 Melezio (già Patriarca Ecumenico nel 1921-23) riesce a farsi riconoscere ufficialmente dal governo egiziano

1930 Melezio compila le leggi canoniche del Patriarcato, aggiunge al titolo patriarcale la dizione “di tutta l’Africa”.

1927 Nasce la diocesi di Johannesbourg.

Nicola V 1935 - 1939

1946 Un sacerdote della Chiesa Ortodossa Africana (successione Villatte) che opera in Africa Orientale viene ricevuto in comunione nel Patriarcato. Da questo nucleo nasce nel 1958 la diocesi di Irinoupolis. Da altri nuclei della Chiesa Ortodossa Africana  in Africa Meridionale e in quella Occidentale nasceranno altre diocesi nell' Africa Nera.

1953 Indipendenza dell'Egitto.

1964 Ad Aarhus iniziano consultazioni tra Copti e Ortodossi.

1976 Viene creata la diocesi del Camerun.

1987 Copti e Ortodossi eliminano le rispettive scomuniche.

1994 Viene creata la diocesi dell'Uganda. Teodoro Nagiama diventa  il primo vescovo nero del Patriarcato.

2004 Tragedia sui cieli dell'Egeo:precipita l'elicottero che trasporta il Patriarca  sul Monte Athos: tutte le  17 persone a bordo ,incluso S.B. Pietro VII e 3 altri vescovi del Patriarcato, perdono la vita.

Teodoro II (2004-)