Paolo (539 – 541)

Zoilo (541 – 551)

541 Paolo viene deposto e sostituito da Zoilo.

Apollinare (551 – 568)

553 V Concilio Ecumenico , a Costantinopoli. Va a vuoto il tentativo di riconciliazione con i "monofisiti" che prevalgono ormai nella gran parte delle diocesi.

Giovanni IV (569 – 579)

Evloghio (579 – 607)

Teodoro (607 – 609)

Giovanni V (609 – 620)

620 In seguito all'occupazione della città da parte dei Sassanidi S.Giovanni V il misericordioso è costretto a fuggire e muore in esilio.

Giorgio (621 – 630)

Ciro (630 – 643)

630 Con una delle prime formulazioni monotelite Ciro cerca l'accordo , non riuscito, tra Ortodossi e Monofisiti. Ciro verrà perciò condannato nel 680 al concilio Ecumenico di Costantinopoli.

634 Il califfo Omar I conquista Siria,Persia,Egitto. Percepiti come alleati del nemico Bizantino, gli Ortodossi vengono perseguitati ma i copti non soffrono poco.

Pietro IV (643 – 654)

649 Il convento di S. Caterina nel Sinai rivendica e dichiara la propria autonomia da Gerusalemme. Verrà a dipendere spesso dai Patriarchi di Alessandria ma Gerusalemme continuerà a rivendicarlo a sè.

654 Muore Pietro IV  in battaglia . Interruzione della successione calcedonese che durerà per altri settanta anni (fino a Cosma i possibili Patriarchi di seguito ricordati probabilmente non erano residenti). Vescovi Ortodossi tuttavia continueranno a sussistere e per brevi periodi qualcuno di essi assumerà anche il titolo patriarcale (Giovanni VI ,Eutiche, Pietro V, Pietro VI)

Sede vacante (654-690) , Giovanni VI (?) , Eutiche(?)

661 Inizia l'era degli Ommaiadi. 

681 VI Concilio Ecumenico, III a Costantinopoli .Condanna del monotelitismo.

Pietro V (690 – 712)

704 La persecuzione nei confronti dei Cristiani raggiunge uno dei momenti più acuti. La Chiesa si trova allo sbando.

Pietro VI ( ?)

Cosma (727 – 787)

727 Viene ripristinato il Patriarcato Ortodosso grazie anche ai ricchi doni che i Cristiani offrono al Califfo Hisham. Cosma tenta di riorganizzare la Chiesa che era prossima all'annichilimento (ormai la sola diocesi attiva è solo Alessandria). La lingua araba gradualmente sostituisce quella greca.

750 Inizia l'era Abbasside.

754-75 Al-Mansur raddoppia il tributo dovuto dai Cristiani. Persecuzioni anticristiane.

Poliziano (787 – 801)

Eustazio (801 – 805)

Cristoforo (805 – 836)

828 Marinai italiani trafugano i resti mortali di S.Marco e li portano a Venezia ove verrà costruita la famosa Basilica omonima.

Sofronio (836 – 859)

Il periodo coincide com il califfato di al-Mutawakkil che segna un periodo di forte persecuzione nei confronti dei cristiani

Michele I (859 – 871)

868 I Tulunidi diventano padroni dell'Egitto.

905 Gli Abbassidi riconquistano l'Egitto.

Cristodulo (906 – 933)

Eutiche II (933 – 940)

935 Gli Ikhshiditi diventano padroni dell'Egitto.

Sofronio II (940 – 968)

Elia (968)

969 I Fatimidi diventano padroni dell'Egitto.Il trono Patriarcale per circa due secoli resta spesso vacante. Si conoscono solo pochi nomi di diocesi tra il VII e il XII secolo (Babalyun, Tebe, El-Farama, Tanis, Damietta, Fustat -dove i Fatimidi costruirono il Cairo e si trasferì il Patriarca)

Arsenio (980 – 1010)

1003 Ulteriore grave persecuzione sotto il califfato di al Hakim: molti cristiani fuggono , molti altri si convertono all'Islam

 Giorgio III (1010 – 15)

Filiteo (1015 – 45)

1021 con l'avvento al potere di al Zahir si riducono le persecuzioni

 Sede quasi vacante (1045-1200 )

Interruzione della successione patriarcale (salvo brevi periodi ) . Si ha notizia solo di 3 diocesi (Alessandria, Pelusio e Leontopoli).

1054 Lo scisma tra Est e Ovest diviene definitivo durante tale vacanza. Non è facile dire da quale momenti il Patriarcato di Alessandria non sia più in comunione con Roma. Gradualmente il Patriarcato di Alessandria si allineerà a Costantinopoli ma ancora il Patriarca Nicola I ha  rapporti con Roma.

Leonzio (1059 )

Giovanni VIII (1062)

Sava (?)

Teodosio II (?)

Cirillo I (in realtà II) (1103 – 18)

Evloghio II (?)

Sofronio III (1166 )

Eleuterio (?)

1171 Gli Ayyubidi diventano padroni dell'Egitto. Si intensificano i rapporti con Costantinopoli e i Patriarchi sono sempre più spesso greci

Marco III (1174)

Nicola I (1200 – 30)

1215  Il Patriarca Nicola I (che invia un suo rappresentante al concilio Laterano IV) scrive a Papa Innocenzo III  e a Onorio III in ordine alle difficoltà della Chiesa nelle lotte con i non calcedonesi.

1219 Breve conquista di Damietta da parte dei crociati che vi installano un vescovo latino al posto di quello ortodosso

1235 I Mamelucchi , intolleranti nei confronti dei cristiani, diventano padroni dell'Egitto.

Nicola II (1243 – 70)

Atanasio III (1270 – 1308)

1276 Viene istituito un Patriarcato latino (difatti sempre titolare); evidentemente la comunione con Roma è venuta meno (però già dal 1216 si hanno vaghe notizie di un Patriarca latino sebbene all'epoca Nicola I sia in comunione con Roma). Il regno dei Mamelucchi che si instaura in questo periodo rende ancor più precaria la situazione della Chiesa e  non è chiaro quanti e quali dei Patriarchi seguenti abbiano effettivamente vissuto ad Alessandria. probabilmente molti

Gregorio II (1308 – 32)

Gregorio III (1332 – 50)

Nifon (1367 – 71)

Marco IV (1371 – 85)

Nicola III (1385 – 97)

Gregorio IV (1397 – 1412)

Nicola IV (1412 – 17)

Atanasio IV (1417 – 29)

Marco V (1428 – 37)

1431-45: Concilio  di Firenze (anche detto Basilea-Ferrara-Firenze). Affermò il primato del papa contro le richieste dei conciliaristi . Unione con le Chiese Orientali ,voluta dall'imperatore bizantino Giovanni VIII che cerca aiuti occidentali contro i Turchi,che presto andrà però a vuoto.

Filoteo (1437 – 59)

Gregorio V (1459 – 86)

Ioakim I (1486 – 1567)

1517 Conquista Turca . A parte il Patriarcato non vi sono più altre diocesi attive .Totale ellenizzazione dei Patriarcati di Alessandria, Antiochia e Gerusalemme. Il Patriarca (sempre greco) da allora quasi sempre risiedette a Costantinopoli (ma spesso ciò era già avvenuto nel secolo precedente) difatti con funzione solo titolare. Per far fronte alle difficoltà finanziarie i Patriarchi si rivolgono agli Zar della Russia.

1529 La Chiesa del Sinai ,che era stata governata dai Patriarchi di Alessandria, viene riconosciuta dipendente da Gerusalemme.

1555 Contatti dei Protestanti con la Chiesa di Alessandria.

Silvestro (1569 – 90)

Melezio I (1590 – 1601)

1594 Melezio riesce ad evitare che abbiano buon fine  i tentativi gesuiti di persuadere i Patriarchi copti circa il Primato di Roma ma  vanno pure  a vuoto i suoi tentativi di riunificazione tra Copti e Ortodossi.

1612 Cirillo dal 1601 Patriarca di Alessandria (Cirillo III) diventa per un breve periodo "locum tenens" del Patriarca di Costantinopoli.

1616 Rapporti tra Alessandria e la Chiesa Anglicana.

1620 Cirillo ,eletto Patriarca di Costantinopoli,  lascia il Patriarcato di Alessandria.

Gerasimo I (1620 – 36)

Mitrofane (1636 – 39)

Niceforo (1639 – 45)

Ioanniccio (1645 – 57)

Paisios (1657 – 78)

Partenio I  (1678 – 88)

Gerasimo II (1688 – 1710)

Samuele (1710 –12 e 1714 – 23)

1715 Rapporti con i vescovi scozzesi "Non -Juring".

Cosma II (1712 –14 e 1723 – 36)

Cosma III (1737 – 46)

Matteo (1746 – 65)

Matteo invia una missione in Etiopia.

Cipriano 1766 - 1783

Gerasimo III 1783 - 1788

Partenio II 1788 - 1805

1798 Napoleone invade per breve tempo 'Egitto

Teofilo II 1805 – 1825

1805 L'Egitto diventa semiindipendente con suoi khedivè.

Ieroteo I 1825 -1845

Il Patriarcato ha , al più , una decina di luoghi di culto, una ventina di sacerdoti, i pochi vescovi sono solo titolari.

Artemio 1845 – 1847

Ieroteo II 1847 - 1858

1847 Dopo secoli di titolarità di fatto dei Patriarchi di solito residenti a Costantinopoli si ha il ritorno dei Patriarchi ad Alessandria nonostante si stimi che gli ortodossi in Egitto non siano più di 5000 contro i 150.000 copti.

Callinico 1858 – 1861 

1861 Si dimette il Patriarca Callinico . Fallisce momentaneamente il tentativo delle comunità greche locali di riprendere il diritto ad eleggere il Patriarca (da secoli ormai nominato dal Patriarca Ecumenico): la Chiesa si spacca infatti tra due Patriarchi contemporaneamente eletti da due diverse fazioni. Lo stesso anno interviene il Patriarca Ecumenico che  pone termine alla divisione esautorando ambedue e installando il Patriarca Giacomo. In seguito la comunità greca troverà però la necessaria coesione per eleggere il proprio Patriarca.

1866 Viene istituita la metropolia di Tripoli ma l'unico vescovo di cui si ha menzione è Teofane intorno al 1932. Successivamente nel 1959 viene assorbita da Cartagine e ripristinata nuovamente nel 2004

Giacomo II 1861 - 1865

Nicanore 1866 - 1869

Sofronio IV 1870 - 1899

1882 L'avvento al potere di Arabi Pashà segna un ulteriore fase di intolleranza religiosa, il Patriarca è costretto ad abbandonare l'Egitto . Interviene l'Inghilterra che occupa il paese: inizia un periodo di immigrazione cristiana in Egitto

Fozio 1900 - 1925

1901  viene ripristinata la diocesi di Tolemaide. E' la prima diocesi attiva , a parte quella patriarcale, di nuovo attiva dopo secoli di decadenza.

1908 L'afflusso di greci nel secolo precedente determina una ripresa del Patriarcato che ha ora circa 100.000 fedeli. Il Patriarcato viene strutturato in 7 diocesi   diocesi (Axum, ) che però non è possibile rendere del tutto attive.  Un sacerdote del Patriarcato svolge la sua missione tra i greci del Sudafrica e inizia l'opera evangelizzatrice locale.

1915 Viene restaurata quella di Pelusio (una delle due diocesi ancora presenti nel XII secolo, si ha notizia poi di un vescovo- titolare ?- Partenio nel 1788 , Amfilochio intorno al 1870)

1921 Joseph Renè Villatte consacra vescovo Alexander McGuire che crea la Chiesa ortodossa Africana; una branca di questa portatasi in Africa meridionale e orientale verrà accolta in seguito in comunione dal Patriarca di Alessandria.

1926 Melezio (già Patriarca Ecumenico nel 1921-23) riesce a farsi riconoscere ufficialmente dal governo egiziano.

1927 Viene ripristinata la metropolia di Ermopoli. Nasce la diocesi di Johannesbourg. Alexander McGuire della  Chiesa ortodossa Africana consacra vescovo per il Sudafrica l'africano Daniel Wiliam Alexander

1930 Melezio compila le leggi canoniche del Patriarcato, incrementa l'attività missionaria in Africa, aggiunge al titolo patriarcale la dizione “di tutta l’Africa”.

1931 La diocesi di Axum ha il suo primo vescovo . Viene creata la diocesi di Cartagine

1932 La  Chiesa ortodossa Africana ottiene una discreta serie di conversioni in Africa orientale grazie all'opera di Ruben Spartas Mukasa che verrà più tardi accolto in comunione dal patriarca di Alessandria.

Nicola V 1935 - 1939

1939 Viene restaurata la metropolia di Leontopoli (una delle rare diocesi in Egitto ancora attiva nel XII )

1946 Ruben Spartas Mukasa, in Africa Orientale, viene ricevuto in comunione nel Patriarcato. Da questo nucleo nasce nel 1958 la diocesi di Irinoupolis. Da altri nuclei della Chiesa Ortodossa Africana  in Africa Meridionale e in quella Occidentale nasceranno altre diocesi nell' Africa Nera.

1953 Indipendenza dell'Egitto.

1958 Vengono create le Metropolia dell'Africa orientale (sede a Dar es Salaam - Irinopolis- e dal 1970 a Nairobi.  Nel 1999 viene divisa in metropolia di  Nairobi e Kenia e metropolia di Irinopoli e Tanzania), Kinshasa , Yaoundè, Nubia (ma un vescovo aveva risieduto a Khartum già negli anni '40).

1959 Viene creata la diocesi di Accra (Africa Occidentale) il cui vescovo si trasferisce nel 1976 a Yaoundè .

1964 Ad Aarhus iniziano consultazioni tra Copti e Ortodossi.

1968 All'intronizzazione del nuovo Patriarca assiste anche una delegazione del Vaticano. Vengono create le diocesi  della Rhodesia (dal 1980 Zimbabwe , dal 2009 metropolia) , la metropolia del  Capo di Buona Speranza, la metropolia di Memfi (diocesi sopravvissuta all'invasione araba: un vescovo è noto intorno al 1000;  titolo già utilizzato dal XVII secolo)

1971 viene inaugurata la residenza patriarcale ad Alessandria.

1972 Ruben Spartas Mukasa viene consacrato vescovo (con il nome di Cristoforo) insieme a Teodoro Nankiama e Arthur Gatunguad (altri due sacerdoti provenienti dalla Chiesa Ortodossa Africana) : sono i primi vescovi neri del mondo ortodosso.

1987 Copti e Ortodossi eliminano le rispettive scomuniche.

1992 Viene creata la diocesi di Bukoba (dal 2007 metropolia di Mwanza; ma una diocesi di Bukoba è stata ripristinata nel 2019)

1994 La diocesi dell'Africa occidentale viene divisa in quella di Accra (che diventerà metropolia nel 2009) e metropolia del Camerun (Yaoundè). Viene creata la metropolia dell'Uganda: Teodoro Nankiama ne diventa  vescovo .

1997 Vengono create le diocesi del Madagascar (metropolia dal 2012) , Nigeria ( metropolia dal 2004)

2001 Viene creata la diocesi dello Zambia (dal 2009 metropolia)

2004 Tragedia sui cieli dell'Egeo:precipita l'elicottero che trasporta il Patriarca  sul Monte Athos: tutte le  17 persone a bordo ,incluso S.B. Pietro VII e 3 altri vescovi del Patriarcato, perdono la vita.

Teodoro II (2004-)

2006 Viene creata la diocesi di Kolwezi che diventa nel 2009 viene ribattezzata Katanga mentre il vescovo si trasferisce a Lubumbashi; nel 2014 diventa metropolia. Viene creata la diocesi del Mozambico

2009 Viene creata la diocesi del Burundi (Metropolia dal 2018) e la metropolia di Cirene (titolo in uso dagli anni '90 da parte del rappresentante a Mosca del Patriarca)

2010 viene creta la diocesi della Sierra Leone (che 2 anni dopo diventa metropolia della Guinea con sede a Konakry) , Botswana (metropolia dal 2016), Brazzaville (metropolia dal 2017

2013 Viene creata la metropolia di Eliopoli (titolo vescovile già dal  secolo scorso) e di Nilopoli

2015 vengono create 2 nuove diocesi (Nyeri e Kisumu)

2018 Vengono  istituite le diocesi di Kananga, Goma, Kisangani, Gulu, Malawi

2019 Viene ripristinata la diocesi di Bukoba e create quelle di Toliara e di Eldoret

2020 Il Patriarcato riconosce la Chiesa Ortodossa d'Ucraina; Mosca risponde interrompendo la comunione con il Patriarca ma non con quella parte della Chiesa non concorde con lo stesso e

2021 La Chiesa di Russia crea un Esarcato in Africa