1872 Primi consistenti rivolte antispagnole dall'epoca della scoperta dell'arcipelago nel 1521.

1889 Il sacerdote cattolico Gregorio Aglipay aderente alle sommosse antispagnole viene scomunicato.

1896 Inizia la rivolta armata di Aguinaldo. Gli U.S.A entrano in guerra contro la Spagna e

1898 passaggio delle Filippine agli U.S.A. in seguito al trattato di Parigi. Il movimento indipendentista di Aguinaldo continua e viene represso dagli U.S.A . Gli insurrezionalisti sentono la Chiesa Cattolica ,ma anche altre Chiese presenti con le loro missioni nelle Filippine, ancorate a schemi colonialisti.

1902 L'Unione Operaia Democratica con a capo Isabelo de los Reyes Sr. (Don Belong) crea la Chiesa Filippina Indipendente. Il sacerdote cattolico Gregorio Aglipay viene nominato Vescovo Primate (Obisbo Maximo ). Alcuni sacerdoti in diverse zone delle Filippine creano delle diocesi . La consacrazione avviene ad opera di sacerdoti e non di vescovi.

1903 Gregorio Aglipay viene consacrato Vescovo (sempre ad opera di altri preti o di Vescovi consacrati da preti).

1931 Vescovi Aglipayani partecipano alla Convenzione dell'Associazione Unitariana in America che chiedeva l'indipendenza delle Filippine. La Chiesa in questo periodo presenta un partito unitariano (tra cui Aglipay) e uno trinitariano .

1938 Muore Isabelo de los Reyes.

1940 Muore Gregorio Aglipay . Gli succede nell'ufficio di  Vescovo Primate Santiago Fonacier .

1946 Il Consiglio dei Vescovi dichiara decaduto  dalla carica di Vescovo Primate Fonacier , accusato di aver  cooperato con gli invasori giapponesi , ed elegge come successore Gerardo Bayaca. Qualche mese dopo a Bayaca succede Isabelo de los Reyes Jr.. Fonacier non accetta tali decisione e fonda la Chiesa Indipendente dei Cristiani Filippini (attualmente pare abbia circa 3 mila fedeli) che mentiene l'indirizzo unitariano.

1947 La Chiesa entra in dialogo con la Chiesa Episcopale d'America. I documenti redatti in tale occasione rigettano chiaramente le influenze Unitariane che si erano talora manifestate in seno alla teologia della Chiesa. I Vescovi della Chiesa vengono consacrati (ottenendo così la Successione Apostolica) da tre Vescovi della Chiesa Episcopale .    

1955 La Corte Suprema delle Filippine dichiara Isabelo de los Reyes Jr. il legittimo Vescovo Primate. Fonacier abbandona la Chiesa e fonda la Chiesa Indipendente dei Cristiani Filippini. Sotto la guida del nuovo Primate la Chiesa abbandona  il precedente spirito militante nazionalista rivoluzionario e socialista a favore di un  "filippinismo sentimentale".

1958 La Chiesa diventa membro del Consiglio Ecumenico delle Chiese

1961 Totale Comunione con la Chiesa Episcopale degli U.S.A..Negli anni successivi la Chiesa entrerà in Comunione con la gran parte delle Chiese Anglicane.

1964 Totale Comunione con le Chiese  dell'Unione di Utrecht.

1965 Sale al potere il generale F. Marcos.

1969 Nasce il Movimento Giovanile della Chiesa;esso si pone come stimolo della ripoliticizzazione  e presenta serie critiche ai vertici della Chiesa che viene accusata di essere tiepida verso la dittatura di Marcos.

1972 Durante le manifestazioni di piazza contro  Marcos  alcuni membri del  Movimento Giovanile vengono arrestati. Accusato di comunismo il Movimento viene sciolto ma ricomparirà qualche anno dopo.

1978 Nasce l'Organizzazione Nazionale dei Preti anch'essa in posizione fortemente critica nei confronti dell'episcopato che mostra simpatia per il dittatore Marcos.

1985 Sottoposto a continue critiche il Vescovo Primate Macario Ga è costretto ad accettare l'elezione (avvenuta nel 1981) del suo successore Abdias de la Cruz ,abbandona la Chiesa e crea la Chiesa Cattolica Filippina Indipendente. La Chiesa , anche ai vertici, finalmente si pone in contrasto con la dittatura.

1986 Sale al potere Corazon Aquino. Le Filippine iniziano la loro esperienza democratica.

2002 La chiesa celebra il centenario della nascita dell'Unione Operaia Democratica e della Chiesa.

2006 Viene brutalmente assassinato il vescovo Ramento.